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एन्क्लोमीफीन का उपयोग मुख्य रूप से माध्यमिक हाइपोगोनैडोट्रोपिक हाइपोगोनाडिज्म के परिणामस्वरूप लगातार कम टेस्टोस्टेरोन वाले पुरुषों के इलाज के रूप में किया जाता है।माध्यमिक हाइपोगोनैडोट्रोपिक हाइपोगोनाडिज्म में, टेस्टोस्टेरोन के परिणामी निम्न स्तर को हाइपोथैलेमिक-पिट्यूटरी-गोनैडल अक्ष में अपर्याप्तता के लिए जिम्मेदार ठहराया जाता है।इसके विपरीत, प्राथमिक हाइपोगोनाडिज्म वृषण में दोष के कारण होता है जिसके कारण वे आवश्यक मात्रा में टेस्टोस्टेरोन का उत्पादन करने में असमर्थ हो जाते हैं।

एन्क्लोमीफीन, जो टेस्टोस्टेरोन के अंतर्जात उत्पादन को उत्तेजित करता है, वर्तमान में बहिर्जात टेस्टोस्टेरोन रिप्लेसमेंट थेरेपी के सामान्य प्रतिकूल प्रभावों, जैसे कम शुक्राणुजनन या बांझपन, के लिए ज्ञात नहीं है।